Program Pendidikan Khas Integrasi (PPKI) SMK Munshi Abdullah telah ditubuhkan dan mula beroperasi pada 7 Januari 2002. Jumlah murid pada tahun 2015 ialah seramai 40 orang murid. Melihat kepada perkembangan program pada masa kini, prasarana yang ada perlu ditambah bagi menampung pertambahan bilangan murid. Sehubungan dengan itu, program ini akan sentiasa bekerjasama erat dengan Pengetua, PPD, Unit Pendidikan Khas JPN Selangor, dan Bahagian Pendidikan Khas, Kementerian Pelajaran Malaysia dalam aspek penambahbaikkan prasarana dan sumber manusia.
Pendidikan yang ditawarkan kepada murid-murid di dalam program ini adalah berdasarkan kurikulum alternatif yang dibina khusus untuk memenuhi keperluan individu dengan pelbagai tahap keupayaan ke arah kehidupan bermakna, selaras dengan Peraturan-peraturan Pendidikan (Pendidikan Khas) 1997 dan lebih bersifat fleksibel. Kurikulum Kebangsaan tidak dapat memenuhi keperluan murid-murid berkeperluan khas kerana tahap pencapaian pendidikan murid-murid ini secara amnya jauh lebih rendah, dan peningkatan pencapaian adalah perlahan dan minimum. Program ini merasakan betapa perlunya menyediakan murid-murid PKBP dengan pendidikan yang lebih berorientasikan kemahiran teknikal dan vokasional.
